生物制药系是在学院2004年设置的生物工程系发展壮大的基础上，于2009年8月由生物制药教室独立设置为系。
    本系专业教师中有教授2人，副教授2人，高级工程师3人，讲师5人，工程师2人，执业药师3人，博士2人，硕士12人，教师中有6人来自医药企业。并拥有稳定的校外兼职教师队伍。本系现有生物制药技术、药物制剂技术、中药制药技术三个专业。
    生物制药技术专业为省级教学改革试点专业，以培养学生职业综合素质和职业应用能力为主线，采用“2+1”式“工学结合一体化”的教学模式，培养掌握生物药品生产技术的基本理论和基本技能，满足生物药品生产制造、质量检测、医药产品营销第一线岗位需要的高等技术应用性专门人才。
    药物制剂技术专业采用“2+1”的培养模式，培养掌握药物制剂技术的基本理论知识，具有药物制剂生产、质量控制和制药设备操作等基本技能，可以在药品生产企业及相关的企事业单位从事药物制剂生产、质量检验、科研、产品销售、技术管理、质量管理的高等技术应用性专门人才。
    中药制药技术专业培养掌握中药制剂技术的基本理论和基本技能；能在中药生产制造、质量检测、医药产品营销和管理第一线需要的高等技术应用性专门人才。
    本系拥有固体制剂、液体制剂、发酵工程、细胞工程、药物检测分析等校内实训室。与省内外40余家医药企业建立良好的校企合作关系，为我系学生校外实践创造了有利的条件，生物制药系教科研成果显著，开发的《生物分离技术》2008年被评为省级精品课，《微生物》被评为院级精品课，主、参编教材22部，主持省级以上教科研课题10项，在省级以上刊物发表学术论文58篇。