生物工程系于2004年6月正式组建，是在原生物技术及应用专业的基础上发展壮大起来的。随着专业建设的逐步深化、学科建设的进一步完善，现已拥有生物技术及应用、生物制药技术、食品生物技术、食品营养与检测、药物制剂技术5个专业，在校生2133人。生物工程系师资力量雄厚， 融合了15所大学的教育成果及多家企事业单位的工作经验，其中，教授1人、副教授9人、讲师3人、助理讲师27人、专职辅导员7人。委（厅） 级学科带头人1人、高级工程师1人、工程师1人、兽医师1人、执业药师2名。4名教师从事过相关企业生产、科研及管理工作。同时还拥有一定数量中、高级职称并能将多家企事业单位生产、检验、经营的应用新技术及岗位实践技能融会到教学中的兼职教师队伍。  

        生物工程系在高的起点上开展实验室及实训基地建设。现有微生物实验室、无菌操作实验室、生物化学实验室、药理实验室、细胞培养实验室、发酵工程实验室、检测分析实验室、药物制剂实验室、固体药物制剂车间、液体药物制剂车间、乳制品加工车间、天然生化产物提取车间。食品生物技术实训基地和生物技术及应用实训基地分别于2005年和 2007被国家教育部、财政部认定为职业教育实训基地，获得了中央财政支持奖励的专项资金。专业教师中有15人为硕士学历，教学及科研能力强，全系教师发表学术论文117篇，主编全国教材3部，4部全国教材副主编，1部全省教材的副主编。参编国家及全省教材20部。主持国家级教研课题3项，其中有两项已经结题，主持省级科研课题6项。

        生物工程系正以崭新的姿态和全新的教育理念，以提高自身素质，强化师资队伍建设为切入点，以育人为目的，以质量求生存,以学生就业为导向，以教育教学管理为核心，以实训基地建设为重点，以团结协作、求实创新为己任，为努力打造一流系部、一流师资、一流学生而阔步前进。